这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
奥莉薇（长江里加 配音）是学校里新来的转校生，金发碧眼的她生得一副标准的外国人面孔，但实际上，无论是出生和成长都在日本境内的她，根本就一丁点英语都不会说。野村香纯（小原好美 配音）拥有着过人的智商，在几乎全部的学科上都是头筹的位置，但偏偏对英语这门科目不感冒，不只是不感冒，香纯的英语成绩只能用惨不忍睹来形容。奥莉薇的出现让香纯看到了希望，她打算拜托对方帮自己补习英语。本田华子（木野日菜 配音）看上去有些呆呆的，常常会做出一些傻事，但成绩却意外的不错，对现充生活充满了憧憬的她，却同奥莉薇和香纯一起，被拉入了游戏的世界之中。
双亲因飞机失事而去世的龙一&虎太郎兄弟。收养了这两人的是，同样因事故而失去儿子儿媳的森之宫学园理事长。但条件是，龙一必须在学园内设置的保育室负责照顾小孩！为了做母亲的老师而在学园内设置的保育室。为了补足那里的人手不足而创设的“育儿部”，龙一成为了部员第一号……！？
发气扬扬！赌上梦想的男子汉们的激斗开始了——出现在弱小的大太刀高中相扑部的新生，“小小”少年·潮火之丸！这名新部员的体格与以“巨大”“沉重”为绝对的竞技完全不合，但却拥有非同寻常的过去！？火之丸与弱小相扑部攻进的顶点之路——超白热高中相扑，开幕！！
